Если на работающих хостах собирать ПО из исходных кодов с помощью сonfigure; make; make install - можно очень быстро загадить систему, более того невозможно будет отследить на каком хосте какие версии ПО установленны, и соответственно невозможно делать обновления.

Администрирование подразумевает возможность восстановить систему с нуля по документации, при использовании только RPM-пакетов это достигается за очень малое время, а необходимость документирования сводится к простому перечислению RPM-пакетов + резервированию файлов настроек и конфигурации (/etc/*).

Поэтому если делать всё грамотно (а мы иначе не делаем) вся разработка ПО должна идти на отдельных машинах либо специально создаваемых виртуальных серверах, исходные коды разных версий хранится в CVS или SVN репозиториях, а после скачивания/создания/сборки исходных кодов стабильной версии программы должны создаваться RPM пакеты, удобные в дальнейшем администрировании.

Дока по RPM для чайников и переходящих с НЕ rpm-based дистрибутивов, пример сборки RPM
http://www.linuxcenter.ru/lib/articles/system/rpm_guide.phtml

RPM-пакеты создаются командой "rpmbuild -ba имяфайла.spec"
подробная инструкция по написанию и синтаксису spec-файлов:
http://wiki.sisyphus.ru/devel/spectips

rpmbuild сам просканирует перловые скрипты на наличие зависимостей и пропишет их в готовый .rpm,
но некоторых модулей просто нет в репозиториях, мы их ставили из CPAN.
# rpm -Uvh my-perl-script-0.1-1.i386.rpm
ошибка: Неудовлетворенные зависимости:
       perl(XML::Smart) нужен для my-perl-script-0.1-1.i386
Не беда:
# cpan2rpm XML::Smart
# rpm -Uvh /usr/src/redhat/RPMS/noarch/perl-XML-Smart*

cpan2rpm находится в репозитории http://centos.karan.org/